Cette apparition eut lieu le 8 mai 492, sous le pontificat de Gélase 1°, sur le mont Gargan, aujourd’hui San-Angelo, dans le Royaume de Naples.
Un riche habitant de Siponte avait ses troupeaux sur les flancs du mont Gargano. Un jour, se dérobant à l’œil des bouviers, un taureau disparut. Après bien des recherches, on le retrouva enfin sur la cime la plus escarpée de la montagne, à l’entrée d’une grotte, et les cornes embarrassées dans de fortes lianes.
Furieux contre les obstacles qui le retenaient sur place, l’animal se débattait si violemment que personne ne put l’approcher. Alors on lança vers lui une flèche ; mais, chose étrange, cette flèche se retourna à mi-chemin de sa course, et alla frapper celui qui l’avait tirée. Ce fait extraordinaire remplit d’une telle crainte les bouviers, qu’ils s’éloignèrent immédiatement de la grotte.
Cet évènement émut la ville de Siponte, et l’évêque ordonna des prières publiques. Trois jours après, saint Michel apparut au prélat et lui dit : « Je suis l’archange Michel, un de ceux qui se tiennent sans cesse devant le Seigneur. J’ai choisi ce lieu (le mont Gargan) pour être vénéré sur la terre ; j’en serai le protecteur à jamais. »
L’évêque et les habitants se rendirent en procession jusqu’à la grotte du mont Gargano, le taureau était revenu de lui-même dans son troupeau, et prièrent en l’honneur de l’Archange.
Mis au courant, l’évêque du diocèse, Laurent, décréta trois jours de jeûnes et de prières à l’issue desquels un magnifique cavalier blanc lui apparut : « Je suis l’archange St Michel l’auteur du prodige de la grotte. Désormais, elle sera mon sanctuaire sur cette terre. »
Mais Laurent tarda à diffuser la nouvelle, car des barbares menaçaient Siponte qu’ils assiégèrent. Nouveau jeûne et nouvelles prières. Saint Michel lui apparut à nouveau et lui annonça une victoire éclatante. La bataille s’engagea, et Siponte paraissait vaincue, quand, tout à coup, une formidable secousse ébranla le mont Gargano ; de son sommet, couvert d’une noire vapeur, jaillirent des éclairs et des foudres qui portèrent la terreur et la mort dans le camp ennemi.
Triomphante grâce au secours miraculeux de saint Michel, la ville de Siponte se montra reconnaissante à son puissant protecteur. Elle exécuta aussitôt des travaux gigantesques, afin de pouvoir accéder plus facilement sur le mont Gargano, et sur la grotte naturelle qu’elle fit revêtir intérieurement de marbres précieux, elle bâtit une belle église dont la dédicace solennelle eut lieu le 29 septembre 522, par le pape saint Boniface. Cette basilique souterraine est depuis le rendez-vous de nombreux pèlerinages, et de grands miracles s’y sont opérés par la puissante intercession de saint Michel.
En l’an 708, en France, deuxième apparition en songe de l’archange Michel à saint Aubert, évêque d’Avranches, qui lui demande de construire un sanctuaire en son nom sur le mont Tombe. En 966, une communauté de Bénédictins s’établit et fait construire une première église. À la même époque, un bourg commence à se développer en contrebas pour accueillir les premiers pèlerins.
Les pèlerins étant de plus en plus nombreux, l’église d’origine devient trop petite pour les accueillir. Les bâtisseurs du XIe siècle accomplissent alors une véritable prouesse architecturale : ils édifient quatre cryptes tout autour de la pointe du rocher, puis bâtissent sur ces dernières une grande église abbatiale. Au XIIIe siècle, une donation du roi de France Philippe Auguste à la suite de la conquête de la Normandie permet d’entreprendre l’ensemble gothique de la Merveille. Celui-ci est formé par deux bâtiments de trois étages, couronnés par le cloître et le réfectoire des moines.
Pendant le siège anglais de la Guerre de Cent ans, le chœur roman de l’église abbatiale s’écroule. Il est remplacé à la fin de la guerre par l’actuel chœur gothique flamboyant.
Suite à la Révolution française, les moines doivent abandonner l’abbaye, qui devient une prison d’État. Jusqu’en 1863, 14 000 prisonniers passent dans cette « Bastille des Mers », où marées et sables mouvants rendent impossible toute évasion. Les familles des prisonniers remplacent alors les pèlerins qui fréquentaient jadis les ruelles du village.
En 1863, suite aux demandes des écrivains et artistes romantiques, la prison ferme. L’année suivante, le Service des Monuments Historiques restaure l’édifice et l’ouvre au public. Pour acheminer les touristes, de plus en plus nombreux, une digue-route est construite en 187, remplacée de nos jours par une passerelle.
Le site est miraculeusement épargné lors de la Seconde Guerre mondiale. Les Allemands l’occuperont tout de même entre 1940 et 1944.
1966 marque le millénaire de la fondation de l’abbaye et le retour d’une communauté religieuse qui assure depuis 2001 une présence spirituelle permanente, et accueillent pèlerins et visiteurs du monde entier.